Memasuki late game babak kedua, Matheus Pato ditarik keluar dan posisinya diganti oleh Muhammad Andy Harjito.
Tak lama kemudian, kubu PSS Sleman juga menggantikan Manda Cingi yang tampak kelelahan dengan Dave Mustaime.
Pada menit ke-85, Rifky Suryawan memperoleh kartu merah akibat protes keras kepada wasit yang dilakukannya terhadap sebuah insiden.
Bersamaan dengan dikeluarkannya Rifky Suryawan oleh wasit, Muhammad Andy Harjito juga memperoleh kartu kuning.
Hingga akhir babak kedua, skor tetap bertahan 4-0 dan Borneo FC Samarinda dinyatakan menang melalui keunggulan agregat 6-0 atas PSS Sleman.
Dengan hasil ini, Borneo FC Samarinda berhak melaju ke final Piala Presiden 2022 dan akan bertemu dengan Arema FC pada tanggal 14 dan 17 Juli 2022 mendatang.***