Di usia sekolah, Musni Umar bersekolah di SDN sewaktu pagi, dan di sore harinya ia belajar agama di madrasah. Setelah itu, ia melanjutkan sekolahnya di SMPN dan PGAAN.
Sebelumnya Musni Umar pernah belajar agama, menghafal quran dan SQ. Ia juga belajar mengenai hukum dan memiliki gelar SH.
Ia juga pernah belajar mengenai ilmu politik di Universitas Nasional, di bawah bimbingan Prof. Dr. Sutan Takdir Alisjahbana dan Prof. Dr. Deliar Noer.
Secara informal, Musni Umar juga belajar politik dan agama dengan Mr. Kasman Singodimedjo (Muhammadiyah), KH. Masjkur, dan Prof. KH Ibrahim Hosen (NU).
Kemudian ia sempat belajar sosiologi politik di Universitas Indonesia (UI) di bawah bimbingan Prof. Dr. Paulus Wirutomo, dan Prof. Dr. Maswardi Rauf.
Ia juga melanjutkan pendidikan doktoral di Universitas Kebangsaan Malaysia (UKM) yang dibimbing oleh Prof. Dr. Kamaruddin M. Said. Beliau meraih Ph.D dari Universitas Harvard, Amerika Serikat.
Dalam bidang politik inilah yang ditekuni Musni Umar sehingga menjadi pakar dan sosiolog terkemuka di Indonesia.
Baca Juga: Ronaldo Kembali Trending di Twitter, Berikut 5 Fakta Menarik Tentangnya
Musni Umar juga aktif di organisasi pelajar, dan sesudah ia menduduki perguruan tinggi, ia aktif di dewan kemahasiswaan dan HMI.